📄 進化生物学
The reasonable effectiveness of domain adaptation for inference of introgression
本論文は、ドメイン適応技術が、訓練データがゴーストイントログレッションのような複雑でモデル化されていない進化プロセスを考慮できていない場合でも、正確な遺伝子浸透の検出を可能にすることで、集団遺伝学における教師あり機械学習モデルの堅牢性を大幅に向上させ得ることを示している。
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evolutionary biology
409 件の論文
進化生物学は、生命がどのように時間とともに変化し、多様な姿を形成してきたかを解き明かす分野です。遺伝子の働きから種間の関係まで、過去の証拠と現在の観察を結びつけることで、私たちの存在のルーツに迫ります。
Gist.Science は、bioRxiv から投稿される進化生物学の新しいプレプリントをすべて収集し、専門用語を噛み砕いた解説と、技術的な詳細をまとめた要約の両方をご用意しています。これにより、専門家だけでなく広く一般の方々が、最先端の研究成果をスムーズに理解できます。
以下に、進化生物学の最新プレプリントの一覧をご紹介します。
📄 進化生物学
Conservative evolution of genetic and genomic features in Caenorhabditis becei, an experimentally tractable gonochoristic worm
本研究は、高品質なリファレンスゲノムアセンブリの構築を通じて、巨大なX染色体や特異的なGC組成の変化を含む独自のゲノム構造を明らかにするとともに、アンドリオイシャス（雌雄同体・雄雌異体の中間的な性決定様式）種に見られる主要な遺伝的特徴の保存性を実証することにより、*Caenorhabditis becei*を扱いやすい雌雄異型のモデル生物として確立するものである。
📄 進化生物学
Dynamics of mutators of arbitrary dominance in humans
本論文は、ヒトの生殖細胞系列における突然変異率修飾因子を解析するために、任意の優性度を持つ突然変異アレルに関する集団遺伝学モデルを提示しており、既知の変異の多くが浄化選択と矛盾しない一方で、現在の発見の取り組みにおいては検出バイアスによって劣性突然変異アレルが過小評価されている可能性を示唆している。
📄 進化生物学
Ancestree: unified likelihood inference of ancestral alleles under supplied or inferred genealogies
Ancestreeは、プレーンな変異データ、祖先再結合グラフ、および局所的にサンプリングされた樹状図を含む多様な入力に対応し、複雑な突然変異シナリオを許容しながら、特に外群情報を利用する場合において既存のツールと比較して優れた精度とスケーラビリティを示す、多様な入力から祖先アレルを推定する統合された尤度ベースのフレームワークである。
📄 進化生物学
A Rarefaction Approach to Identify Local Introgression in a Three Population Tree
本論文は、外群を必要とせずに多系統データセットにおける局所的なイントログレッションの精密な検出を可能にすることで、従来のD統計量の限界を克服する、新たな希薄化に基づく手法であるDSTARを紹介するものであり、それは現代のパプア人におけるデニソバ由来の免疫関連DNAの特定成功によって実証されている。
📄 進化生物学
Accounting for the life history structure of fitness in tests for adaptive reproductive acceleration
会計モデルを最適化フレームワークと統合することで、機械的な関係性と因果効果を解明した本研究は、幼少期の逆境がライフヒストリーの変数に影響を与える一方で、そのような逆境が野生のメスバブーンの適応度を最大化するために生殖軌道を加速させるという仮説を支持するものではないことを示している。
📄 進化生物学
Super compensatory substitutions restore protein function and confer mutational robustness
IGPDおよびその他のタンパク質の包括的な深層変異スキャン・データセットを解析することにより、本研究は、非機能的な変異体の機能を回復させるだけでなく、多様な遺伝的背景にわたって変異耐性を広範に強化する、溶媒露出残基における明確なクラスの「超補償的」置換を特定している。
📄 進化生物学
PartitionFinder-mAIC: Phylogenetic Partitioning using Marginal Akaike Information Criterion
本論文は、従来のAICおよびBIC手法と比較して、より少ないパーティション数で系統推定の精度を向上させる、より効率的なパーティショニングスキームを選択するために周辺赤池情報量基準を利用する、IQ-TREE 3の新機能であるPartitionFinder-mAICを紹介するものである。
📄 進化生物学
Convergent Amino-Acid Substitutions Link Primate Longevity to Male-Fertility Genes
126種の霊長類における収斂的なアミノ酸置換を分析することにより、本研究は長寿とオスとしての生殖能力との間の有意な遺伝的関連性を特定し、オスの生殖生物学に関連する遺伝子が寿命の進化における主要な原動力であることを明らかにしている。
📄 進化生物学
NLR DNA copy-number expansion outpaces accumulation of predicted coding-intact copies
本研究は、*Capsicum*および*Arabidopsis*のゲノムにおいて、NLR DNAコピー数の拡大が予測されるコーディング領域が保持されたコピーの蓄積を上回っていることを示しており、正確な免疫遺伝子レパートリー解析のためにコピー数と併せてコーディング状態を考慮することの重要性を浮き彫りにする、一貫した劣線形スケーリング関係を明らかにしている。